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基于生物信息学的油菜BnTIP23研究 目录 TOC \o 1-9 \h \z \u 目录 1 正文 1 文1：基于生物信息学的油菜BnTIP23研究 1 1、材料与方法 2 2、结果与分析 3 3、讨论 6 4、结论 6 文2：基于生物学的电子电路设计 7 参考文摘引言： 9 原创性声明（模板） 10 文章致谢（模板） 10 正文 基于生物信息学的油菜BnTIP23研究 文1：基于生物信息学的油菜BnTIP23研究 水孔蛋白属于古老的广泛存在于所有生物里的主要膜内在蛋白家族，在生物的物质代谢中起着重要作用[1]。根据序列同源性和亚细胞定位的不同，水孔蛋白可以分为4类，包括液泡膜内在蛋白、质膜内在蛋白、NOD26-like内在蛋白和小的内在蛋白[2，3]。后来人们又在苔藓中发现了X内在蛋白，该蛋白仅在少量高等植物和大量低等植物中存在[4]。迄今为止，植物中水孔蛋白的研究主要集中在PIPs上。甘蓝型油菜属于十字花科芸薹属双子叶植物，目前对其研究大多集中于脂肪酸组成及代谢[5，6，7，8，9，10]以及蛋白参与植物对生物和非生物胁迫的响应调控方面[11，12，13，14，15]，对于甘蓝型油菜AQP水孔蛋白研究较少。 因此，本文利用生物信息学软件对油菜BnTIP2;3蛋白的理化性质、二级结构和三级结构进行分析，为其生物学功能的研究奠定了基础。 1、材料与方法 实验材料 甘蓝型油菜幼苗种于廊坊师范学院生命科学学院培养室。选取健壮植株的叶片，用去离子水清洗表面，吸水纸吸干，然后用液氮速冻，-80℃保存，用于水孔蛋白基因克隆。 主要试剂 DNAmarker、10×LoadingBuffer、DNA聚合酶、10×PCRBuffer、限制性内切酶SacΙ、BamHΙ。克隆载体pTOPO-Bluntcloningkit、MiniBESTPlantRNAExtrationKit、PrimeScript?II1stStrandcDNASynthesisKit，均购于大连TaKaRa公司。大肠杆菌（Escherichiacoli）菌株由廊坊师范学院植物遗传实验室保存。 油菜总RNA提取及cDNA合成 根据MiniBESTPlantRNAExtrationKit说明书提取油菜幼苗总RNA，取2μL于1%琼脂糖凝胶上电泳检测其完整性。以总RNA为模板，使用PrimeScript?II1stStrandcDNASynthesisKit进行反转录，合成cDNA第一条链，作为模板进行PCR扩增。 油菜BnTIP2;3基因cDNA序列克隆 根据GeneBank中收录的BnTIP2;3基因序列，设计一对引物进行PCR扩增。PCR条件为：94℃预变性4min;94℃变性30s，55℃复性30s，72℃延伸1min，共30个循环；72℃延伸10min。PCR产物经电泳检测后对目的片段进行凝胶回收。取适量回收纯化产物与pTOPO平末端载体连接，转化大肠杆菌感受态细胞Tra10。将阳性克隆送至上海美吉生物公司测序。 ;3的生物信息学分析 对测定序列用ExPASyProtParam，预测BnTIP2;3编码氨基酸序列分子质量、等电点疏水性；利用进行信号肽预测；利用进行蛋白跨膜区预测；利用NCBI网站上的CDD分析BnTIP2-3蛋白保守域。利用YLoc进行亚细胞定位分析；利用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测其二级和三级结构。将BnTIP2;3蛋白全长序列提交到NCBI的BLASTP中获得其同源序列，利用MEGA7进行系统发育分析，分支处的数字表示该分支分析的可靠程度，数值越大、可信度越高。 2、结果与分析 ;3基因的克隆 根据油菜BnTIP2;3序列，从油菜幼苗中RT-PCR扩增得到一条753bp的DNA序列（图1）。将PCR产物与pTOPO-BluntCloningvector进行连接、转化，选取阳性克隆进行菌落PCR扩增，得到一条与ORF全长一致的片段。进一步对重组质粒进行双酶切验证，酶切获得一条1865bppTOPO-BluntCloningvector和一条753bp目的基因片（图2）。综上所述，BnTIP2;3编码250个氨基酸，成功获得重组质粒pTOPO-BnTIP2;3。 ;3的理化性质分析 利用ExPASyProtParam在线分析BnTIP2;3蛋白的序列组成和理化性质。BnTIP2;3分子式为C1171H1834N282O327S5，相对分子量为，理论等电点（pI）为，该蛋白由20种250个氨基酸组成，含量最高的3种氨基酸分别是：甘氨酸（Gly)%、丙氨酸（Ala)%和缬氨酸（Val)%。总平均疏水性、脂肪族指数和不稳定指数分别为、，表明该蛋白为稳定性蛋白。 图1BnTIP2;3