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代谢组学研究技术最新进展 代谢组学是经过基因组学、转换组学和蛋白质组学而发展起来的一门新兴学科。根据生物系统的代谢产物（由于实际分析手段的局限性，主要分析相对分子量小于1000的小分子，并以现代机器分辨率分析为手段。生物系统受到刺激或干扰（例如，在特定基因变异或环境变化后）代谢产物的变化或其随时间的推移规律进行分析。英文文献中,早期的代谢组学研究使用了两个不同的术语:metabolomics和metabonomics。前者侧重以单个细胞作为研究对象,Fiehn等将其定义为定性和定量分析单个细胞或单一类型细胞的代谢调控和代谢流中所有低分子量的代谢产物。后者一般以动物的体液和组织为研究对象,Nicholson等将其定义为生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生代谢物质动态应答的定量测定。随着代谢组学的研究发展,不管是在植物和微生物研究领域,还是在病理生理研究领域,这两个名词已经基本等同使用。目前国内的代谢组学研究小组达成共识,以metabonomics来表示“代谢组学”。 在代谢组学的研究过程中,代谢组学的一些相关概念也不断被提出来,目前已获得广泛认同的研究层次有:(1)代谢物靶标分析;(2)代谢轮廓(谱)分析;(3)代谢指纹分析;(4)代谢组学。严格地说,只有第4层次才是真正意义上的代谢组学研究,但是目前还没有发展出一种可以涵盖所有代谢物而不管分子大小和性质的代谢组学技术。 代谢组学相对于其他组学更能反映生物体的整体信息,这是因为代谢物处于生物系统生化活动调控的末端,反映的是已经发生了的生物学事件,基因表达和蛋白质的变化对系统产生的影响都可在代谢物水平上得到体现,所以从理论上来说,代谢组学分析所提供的信息更能够揭示生物体系生理和生化功能状态,对进行功能基因组的研究提供了极大便利。代谢组学与转录组学和蛋白质组学等其他组学相比,具有以下优点:(1)代谢物可以反映基因和蛋白表达的微小变化;(2)代谢组学的研究不需进行全基因组测序或建立大量表达序列标签的数据库;(3)代谢物的种类远少于基因和蛋白质的数目;(4)研究中采用的技术更通用,因为代谢产物在各个生物体系中都是相似的。 目前代谢组学已在药物毒性和机制研究、微生物、植物研究、疾病诊断、营养学、中药成分的安全性评价等领域获得了广泛应用,并且取得了一定成效,为功能基因组学的研究奠定了一定基础,成为系统生物学不可分割的一部分。 1 具体步骤分类 代谢组学分析的方法及技术程序,在不同的研究领域各有特点,但一般包括样品的制备和预处理、样品分析、数据采集和数据分析等流程。在实际情况中,根据研究对象、研究目的等不同,具体步骤会有所不同。下面对代谢组学分析流程中分析方法的近期动态进行表述。 1.1 代谢组学的样品预处理 样品制备和预处理是代谢组学研究的初始步骤,也是最重要的步骤之一。随着代谢组学发展的需要,样品制备过程中考虑的因素越来越多,呈现出分类制样、分层制样、局部到全景式制样的趋势。在收集样品时考虑了收集的时间、部位、种类、样本群体等因素;在研究活体样本时,还考虑了饮食、性别、年龄和地域等诸多因素的影响。样品制备后的样品预处理对于代谢组学的分析具有至关重要的意义,不少研究工作聚焦在代谢组学的样品预处理上。例如:Alzweiri等比较了不同有机试剂处理血液和尿液样品的效果,结果显示乙腈和丙酮去除血样中蛋白效果要高于甲醇和乙醇,4种试剂去除尿中盐的效果差别不大。同时,随着代谢组学研究思路的拓展和技术的发展,生命科学的多个领域都相继参与到代谢组学的研究中,在代谢组学的样品预处理中就有学者引入其他学科的方法,例如:Webb-Robertson等在尿液预处理时,考虑了化学试剂叠氮化钠的杀菌作用,将其加入到待处理尿液中,有效防止了细菌污染;在气相色谱-质谱研究中,为了提高低挥发性代谢产物的衍生化效率,有学者将相转移催化技术(phase transfer catalysis,PTC)用于样品预处理,使分析物与离子对试剂形成离子对,溶解于有机相中,提高了衍生化效率,利于后续的仪器检测。Kind等在尿液预处理上,考虑了生物酶的降解作用,采用尿素酶分解尿中含量很高的尿素,使一些被掩盖的信息表现出来等等。 1.2 生物体系代谢产物的分析方法 依据代谢物物理化学参数的差异,采用不同的仪器分析方法,力求满足高选择性、高灵敏度、高通量、多维、动态、多参量的特点。早期的方法多使用单一仪器对简化的生物体系代谢产物进行分析,但是由于代谢产物的复杂性和多样性,单一的分析技术很难对它们进行无偏向的全面分析。随着代谢组学分析技术的发展,出现了多种联用仪器方法,多种组合仪器方法,几乎能够使用的实验仪器方法均已出现在代谢组学研究中,例如:色谱、质谱、核磁共振、红外光谱、电化学检测、紫外吸收、荧光散射、发射性检测和光散射等分离分析手段及其组