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籼稻品种ssslsssl的构建 许多重要的作物，如产量和品质，通常是由多基因控制的。正确的数量特征基质（quantimathove，qtl）是减少和使用ql的基础。初级作图群体(如F2、BC1、DH和RIL等)的遗传背景复杂,难以准确鉴别单个数量性状基因的效应、作用方式及其在染色体上的位置。为了提高准确性,一些研究者提出利用近等基因系(near-isogenic line,NIL)、染色体片段代换系(chromosome segment substitution line,CSSL)和导入系(introgression line,IL)等次级作图群体进行QTL作图。染色体片段代换系(CSSL)或称导入系(IL),是在受体的遗传背景中代换某个或某些供体亲本的染色体片段。当代换系只代换来自供体亲本的一个染色体片段,而基因组的其余部分均与受体亲本相同时,则称为单片段代换系(single segment substitution line,SSSL)。由于SSSL与受体亲本只存在代换片段的差异,而遗传背景与受体亲本一致,可将复杂性状分解为单个孟德尔因子,因而受到研究者的重视。目前番茄、油菜等作物已建立了一些单片段代换系,并用于各种数量性状的QTL定位。 在水稻方面,自Jena等首次利用RFLP标记对导入系进行导入片段分析以来,同类研究越来越受到人们的重视。迄今已建立了多个导入系或代换系群体并用于QTL鉴定及精细定位[4,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28]。但这些导入系或代换系大多携带多个代换片段,同时代换片段的供体来源单一,不利于进行QTL的复等位基因分析。本研究以来自国内外12个水稻品种为供体亲本,利用回交和微卫星标记辅助选择相结合的方法,建立以籼稻品种“华粳籼74”为遗传背景的SSSL群体,为水稻的功能基因组学研究和分子育种奠定基础。 1 材料和方法 1.1 供体亲本材料 选用优良籼稻品种“华粳籼74”为受体亲本,来自国内外的12个水稻品种为供体亲本,包括8个籼稻品种和4个粳稻品种。这些品种的名称、来源及籼粳类型见表1。 1.2 遗传背景分析 选用较均匀分布于12条染色体上的549个微卫星标记对各个供体亲本与受体亲本“华粳籼74”之间进行多态性检测,利用有多态性的微卫星标记进行代换片段检测和遗传背景分析(表2)。其中,RM引物由美国Cornell大学发展,OSR引物由Akagi等发展,PSM引物由本实验室开发(黄朝锋,华南农业大学硕士学位论文, 2003)。微卫星标记的检测按李文涛等的方法进行。 1.3 sss的筛选 采用回交和分子标记辅助选择相结合的方法。SSSL的构建程序见图1。从BC2F1代起用微卫星标记进行全基因组的代换片段检测,直至筛选到纯合的SSSL。田间试验于1999—2003年在华南农业大学教学试验场进行。 1.4 供体残留片段检测 对在BC4F1、BC4F2、BC5F1和BC5F2各世代选出的候选代换系的遗传背景进行分析。在各条染色体上选择代换片段以外的具多态性的微卫星标记,特别是选用本实验室在Cornell微卫星图谱中标记间隙较大区段发展的微卫星标记(PSM标记)(黄朝锋,华南农业大学硕士学位论文, 2003)对候选代换系进行供体残留片段检测。将跟踪检测的代换片段称为目标片段,遗传背景中检测出的其余供体亲本片段称为残留片段,遗传背景检测出供体残留片段的样品数占检测样品总数的百分率称为残留片段样品率(%)。淘汰含有供体亲本残留片段的候选代换系,对没有残留片段的SSSL进行代换片段的长度测定。 1.5 分子标记检测 参照Young和Tanksley的方法计算代换片段的长度。每个代换片段在其两端增加分子标记进行检测,直至亲本间有多态性的标记表现为受体亲本的纯合基因型为止。以代换片段末端标记与相邻的受体纯合基因型标记之间的中点为该末端边界点,按本实验室整合绘制的水稻微卫星标记图谱(黄朝锋,华南农业大学硕士学位论文, 2003)计算代换片段的长度。 2 结果与分析 2.1 供体亲本与受体亲本多态性 本研究共选用较均匀分布于水稻12条染色体上的549个微卫星标记,对12个供体亲本与受体亲本(华粳籼74)之间进行多态性分析(表2)。12个供体亲本与受体亲本多态标记数平均为258个,平均多态率为50.0%。其中南洋占与华粳籼74之间的多态率最高,达70.7%,其次是Katy、Basmati 385、IR65598-112-2和Star bonnet 99,均在55%以上,而中4188、IR58025B和赣香糯较低,均未能达到40%。南洋占的多态标记间平均距离最小,为4.2 cM,而中4188的多态标记间平均距离最大,为8.9 cM。 2.2 筛选代换系的残留片段 为了尽可能减少代换片段的