结肠癌甲基化标记的可重复性与功能研究-生物物理学专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 摘要 摘 要 癌症是一种复杂的多阶段疾病，基因突变、拷贝数的改变、microRNA 和表观 遗传学等因素的改变都能导致癌症的发生。DNA 甲基化是表观遗传学最主要的一 种形式，异常的 DNA 甲基化在癌症的发生过程中起着至关重要的作用。随着高通 量技术的发展，DNA 甲基化芯片已被广泛地应用于癌症研究中。识别癌症中的异 常 DNA 甲基化基因不仅可以帮助了解癌症发生的生物学机制，且有利于癌症的诊 断和治疗。在过去关于生物学标记的研究中，同种癌型的不同实验中发现的生物 学标记的交叠比例通常都很低，因此在运用 DNA 甲基化作为疾病标志前需要对其 重复性进行充分的评价。有工作提出虽然基因标记本身不交叠，但是它们可能都 影响相同的生物学功能。故在评价差异甲基化基因重复性时，我们认为应考虑基 因在生物学功能上的一致性而非表面上的交叠基因所占的比例。另外，已有研究 发现癌症中高低甲基化是相互独立的过程，但是基因启动子区域的异常低甲基化 的生物学功能还不明确，所以我们分开研究高低甲基化作用的功能差异。 本文首先从位点和基因两个层面，对两套结肠癌甲基化数据找到的差异甲基 化基因重复性评价，发现直接的差异甲基化标记重复性不高，但是它们的改变方 向高度一致；接着，我们从功能的角度出发，设计了功能重复性指标 POE 值评价 差异甲基化基因列表的可重复性，发现差异甲基化基因具有高度的功能可重复性， 该结果说明在功能水平上评估差异甲基化基因的一致性具有合理性；最后，通过 对高低甲基化基因富集功能的比较，我们发现结肠癌基因组中的高甲基化基因主 要影响发育过程，而低甲基化基因则主要影响免疫和应激反应。 关键词：结肠癌，重复性，高甲基化，低甲基化，免疫 I ABSTRACT ABSTRACT Cancer is a complex and multi-stage disease, which can be leaded by mutation of genes, gain or loss of genetic materials (copy number variation), microRNA or disruption of the epigenome. DNA methylation is the most important form of epigenetic ,and aberrant DNA methylation plays a vital role in the cancer process. With the development of high-throughput technologies, DNA methylation chip has been widely used in cancer research. Abnormal DNA methylation to ident ify cancer genes can not only help the understanding of cancer biology mechanism, and the diagnosis and treatment of cancer. In past research on biological markers, biological markers found in the different experiments of the same cancer type overlap is usually very low, as the signs of the disease in the use of DNA methylation needs of its repeatability full evaluation. The work of genetic markers do not overlap, but they may affect the same biological function. Therefore, in the evaluation of differentially methylated genes repeatability, we should consider consistency rather than the surface of the genes in the biological function of the proportion of overlapping genes. In addition, studies have found that the level of methylation in cancer is independent of each p