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蛋白质空间结构的实验测定方法 1.蛋白质空间结构的基本原理。 1.1 蛋白质结构的复杂特性 蛋白质是具有特定氨基酸序列的生物大分子, 是细胞基因的表达产物, 是细胞功能的重要执行者.21世纪初, 各种重要物种的基因组 (全DNA序列, 包括有功能的基因编码序列和功能未知的“垃圾”序列) 的测定工作或已基本完成, 或正在开展.系统地解读DNA编码, 由此理解细胞功能的分子机制和调控机制, 不仅有了基本的条件, 而且正在成为越来越重要的工作.由于细胞的大部分功能是由蛋白质来行使的, 而蛋白质的氨基酸序列是由基因编码的, 因此, 解读DNA编码的任务之一是研究蛋白质序列、结构和功能三者之间的关系.例如, 为什么某一个蛋白质的序列突变会导致某种癌症?为什么某些病毒能够轻易地侵入人体并进行繁殖?为什么人体免疫系统会失去功效?我们如何更有效地制造疫苗来产生人工免疫反应?这些问题的解决都与蛋白质的研究有关.所以, 蛋白质科学的研究有着重要的科学意义, 是后基因组时代完成从基因到破解生命机制的宏伟跨越的关键环节, 我国已经把蛋白质科学研究列为“十一五”“国家重大研究计划之一. 1.2为什么需要测定蛋白质分子的 (原子) 结构和建立蛋白质分子结构的理论模型 蛋白质的化学结构是由20种氨基酸线性连接形成的“高”分子链.链的长度一般在几十到几百残基不等.链上的相邻氨基酸的氨基和羧基通过脱水反应而形成肽键链, 肽链上氨基酸的剩余部分称为残基.蛋白质链是柔性的, 可以采取很多构象.因此, 一个展开的长链可以在特定条件下卷曲成一个直径很小的球形链.一般我们称展开的状态为“去折叠态”, 而称卷曲的状态为“折叠态”.折叠态也称为“天然态”, 因为大部分蛋白质 (至少我们现在了解最多的蛋白质) 大多只在折叠态才具有正常的生物功能.在这里, 我们说实验测定蛋白质分子的结构, 特别是它的原子结构, 指的是测定天然态的结构.蛋白质分子的结构可以帮助我们解释和理解蛋白质是如何行使它的生物功能的.例如, 如何参与催化反应 (催化酶) , 如何把化学能转换成机械能 (分子马达) 等等. 蛋白质结构是三维的空间结构.在去折叠态时, 蛋白质链上相距较远的氨基酸残基之间的物理相互作用较少.在折叠态时, 则存在很多这样的长程特异相互作用, 它们实际上定义了蛋白质的三级结构.所谓蛋白质结构主要是针对这种长程的特异相互作用而言, 它们本质上是三维空间中原子和原子基团的相对位置和取向, 测定蛋白质的空间结构就是要通过物理 (化学) 手段确定这些相对位置和取向.为什么空间结构重要?因为实验发现蛋白质所参与的化学反应经常取决于反应中心的立体化学特性.由于蛋白质空间结构的存在和作用, 化学反应的机制和路径是被严格地控制的.蛋白质的作用不仅是提供了一个特异调节的立体微环境, 而且直接参与与反应物 (底物) 的物理化学作用.因此, 有关蛋白质的空间结构信息是理解反应机理的必不可少的重要基础. 实验测定的空间结构不足以描述蛋白质结构的复杂特性.这是因为实验测定的结构经常是一个静止的结构, 这个结构一般对应于一个热力学自由能极小点.在有些实验条件下, 这个静止结构可能是一个在时间或空间上的系综平均.有些实验手段甚至可以给出系综或系统的分布函数.但是, 我们知道蛋白质结构不是静止的.蛋白质在溶液中受溶液热运动的影响总是在不停地运动的.蛋白质的化学结构是共价结构, 可以用弹簧模型构建.蛋白质的非共价结构比较复杂, 也突出反映了蛋白质的特性, 也是蛋白质空间结构的主要关注点.非共价结构主要是由非共价相互作用形成的.这些相互作用包括离子键 (即盐桥) , 电荷相互作用 (静电和极化, 包括盐桥) , 氢键, 范德瓦尔斯相互作用 (体积排斥和形状) , 疏水相互作用 (水分子引起的熵变化) , 和溶剂效应 (溶质引起的水结构变化和溶质与溶剂参与的相互作用) .构建非共价三级相互作用的模型比较复杂, 最简单的模型采用离散的二进制, 将相互作用分为吸引和排斥 (非吸引) 两种情况.相应的非共价三级结构的构建也比较难, 最简单的模型仍然采用二进制, 将原子或基团的相对位置分为有连接和没有连接 (或接触) 两种情况.由此得到的三级结构是一个三维相互作用网路, 这也刚好反映了非共价结构的复杂性和流动性.所以, 仅用一个静止结构描述蛋白质的分子结构显然是不够的, 我们必须在实验结构的基础上构建可以描述蛋白质复杂特性的理论结构模型. 1.3 lerenthal的解释 蛋白质结构的基本原理是序列决定结构.这个原理是分子生物学中心法则一个重要组成部分.中心法则的内容是DNA序列被首先转录成mRNA序列, mRNA序列经过加工再被翻译成氨基酸序列, 最后, 氨基酸序列可以自动地折叠成功能蛋白质.20世纪50年代, Christ