网状mea分析软件的特征及功能比较.docxVIP

网状mea分析软件的特征及功能比较

自2002年正式提出网络信用分析（nma）以来，该算法和制作软件迅速开发。与传统Meta分析相比,NMA因纳入干预措施多、数据量大、内在结构复杂,对软件的依赖更为突出。目前已有多款能实现NMA计算的软件,但尚无能独立且全面实现NMA计算及相关图形绘制的软件,必须多款软件相互配合方可完成。目前,最新版Cochrane手册虽在16.6和16.8章节介绍NMA,并建议使用WinBUGS软件,但该软件欠缺绘图功能。如何有效选择软件并配合使用,是当前制作NMA的一个难点。本研究比较分析当前能实现NMA的软件,为读者更好地选择相关软件提供参考。

1对象和方法

1.1ntara软件的选择标准

可以实现NMA的软件或程序包。

1.2下载软件、程序包及介绍文件

计算机检索PubMed、CNKI、Stata公司官方网站、R软件官方网站和Google,查看并记录已发表的网状Meta分析中所使用的软件与程序包,及介绍软件和程序包的方法学文献,检索时限截至2014年7月。然后下载这些软件、程序包及介绍文件。检索词包括networkmeta-analysis、multipletreatmentcomparison、mixedtreatmentcomparison和indirecttreatmentcomparison。

1.3是否编程、是否被调用

阅读各软件及程序包的介绍内容,比较软件及程序包涉及的理论、模型、使用权限、是否编程、能否被调用及能否调用。再以《R软件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的应用》一文中有关13种抗抑郁药和安慰剂治疗抑郁症有效性的数据为例,用各种软件及程序包进行分析,比较其计算功能、计算结果和绘图功能。

2结果

2.1下载的软件情况

最终共纳入11种软件,其基本特征详见表1。其中免费软件有BUGS软件(WinBUGS与OpenBUGS软件)、JAGS软件、Stan软件、GeMTC软件、ADDIS软件及R软件(或称“R语言”);收费软件有MicrosoftExcel[11,30-31]、Stata及SAS。相关下载地址可从笔者系列文章中获取[5,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,31]。

按是否需要编程来分,软件又可分为编程软件与非编程软件,非编程软件仅有GeMTC软件和ADDIS软件两款。R软件包含的程序包最多,达11个(表2)。

2.2方法

2.2.1先验设定的合理性

制作NMA的基本理论目前主要分为贝叶斯理论与传统统计理论。与传统统计相比,贝叶斯统计除对结果可信区间的解释更合理外,还在先验设定、风险利益排序及决策分析等方面优势显著,这对保证NMA结果的准确性及完整性十分重要。故从NMA出现以来,基于贝叶斯理论的运算一直备受推崇。

但贝叶斯统计中的先验设定不同将会直接导致结果不同,因此,先验设定的合理性在整个NMA的制作中十分关键,也一直是众多统计学家担忧的问题之一。表1中基于贝叶斯统计理论框架下的软件均通过自身或调用外界软件来实现NMA,仅R软件(或R语言)、Stata软件及SAS软件同时适用于传统统计理论。总体来讲,基于贝叶斯理论框架的BUGS软件是当前使用最频繁的NMA软件,亦为Cochrane协作网推荐。

2.2.2基于贝叶斯理论框架的nma

NMA制作方法目前主要基于分层模型、回归模型、多元分析模型及两步法。前3种模型均在贝叶斯框架下实现,两步法则常基于传统频率学派。相关信息详见表1。

基于分层模型的软件主要通过自身或调用外界软件基于贝叶斯理论框架实现NMA。其中Stata软件本身无法完成,需要调用BUGS软件来实现;而SAS软件的procgenmod与procglimmix是分别基于软件自身编程功能,运用传统广义线性模型与广义线性混合模型来建立分层模型;而procMCMC则用贝叶斯理论进行NMA。

基于回归模型、多元分析模型和两步法的软件中,BUGS软件、JAGS软件、Stan软件与MicrosoftExcel软件都是基于贝叶斯理论由自身实现这三种模型的运用。MicrosoftExcel软件还可以通过调用实现;R软件、Stata软件及SAS软件均可通过自身或调用方式,运用贝叶斯理论或传统统计理论来实现。被调用软件主要为BUGS软件,但调用软件执行调用功能的部分各不相同。

基于回归模型的软件有Stata、R、SAS和Excel软件。Stata软件有metareg模块等、R软件有rma与nlme程序包等,但均无法直接实现多臂研究,使用时均需转化成双臂研究的格式。SAS软件的mixed过程基于混合效应