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小分子药物靶点的发现 人类在使用小分子药物方面的应用已经使用了几千年。许多蛋白质相互作用研究技术已经发展，以研究蛋白质化合物与蛋白质分子之间的相互作用，并找到了药物的靶点。然而，许多小分子药物的作用模式和作用机制尚不清楚，目标点的检测和发现仍处于瓶颈阶段。小分子药物作用的靶点通常是蛋白质,要对药物作用靶点有全面和深入的认识,必须要在整体、动态、网络的水平上对蛋白质进行研究。传统的对单个蛋白质研究的方式已经无法对蛋白质功能和蛋白质间的相互作用进行完全的阐述,因此产生了一门新兴学科——蛋白质组学(proteomics),它是以细胞内全部蛋白质的存在及其活动方式为研究对象的组学研究方法。 蛋白质组学的研究内容有两个重要方面:结构蛋白质组学和功能蛋白质组学。结构蛋白质组学主要是蛋白质结构模式的研究,包括蛋白质氨基酸序列分析及空间结构的解析;功能蛋白质组学主要是蛋白质功能模式的研究,包括蛋白质的功能和蛋白质间的相互作用。蛋白质功能模式的研究是蛋白质组学研究的最终目标,其研究方法与传统的蛋白质研究技术不同,它是应用许多新技术手段,通过系统性、整体性研究,并从相互联系的新视角来研究,以便得到生物体生理、病理和信号转导过程的功能整合信息。化学在这里与生物学的最新发展融合,形成新的交叉研究领域——化学蛋白质组学(chemical proteomics)。 1 化学蛋白质组学 化学蛋白质组是全蛋白质组的一个亚类,而化学蛋白质组学是一个目前仍在不断扩展中的全新领域,学术界至今对其尚未有确切定义,作为后基因组时代的新技术,是联系蛋白质组和药物靶点研究及新药研究的桥梁和纽带。化学蛋白质组学有别于以往的主要以蛋白质定性定量鉴定为基础(identitybased or abundance-based)的蛋白质组学技术。化学蛋白质组学是利用能够与靶蛋白质发生特异性相互作用的化学小分子来干扰和探测蛋白质组,在分子水平上系统揭示特定蛋白质的功能及其与化学小分子的相互作用,从而准确找到化学小分子(包括药物)的结合部位——作用靶点的组学研究方法。因此,化学蛋白质组学被认为是很有前途的新一代基于功能的蛋白质组学技术(function-based proteomics)。 2 小分子靶点的发现和确认 小分子靶点是能够与小分子化合物发生特异性结合,并能产生特异的生理效应或药理效应,调节机体生理功能或防治疾病的生物大分子。目前药物的靶点主要是蛋白质。小分子药物与靶蛋白的相互作用是很多药物发挥生物学功能的基础。 细胞内挤满了密集的蛋白质,一个小分子化合物进入细胞可以遇到许多不同的蛋白质,并产生不同程度的相互作用。这种相互作用强弱不一,既可以是可逆的,也可以是不可逆的;可以是单靶点的,也可以是多靶点的作用,对机体生理学功能或药物作用产生影响。 目前已知的药物作用靶点约有500个,而根据人类基因组研究结果预测的细胞内药物分子能作用的靶点应远远超过500个,据保守估计,约有5 000~10 000个药物靶点,是目前已知靶点数目的10~20倍。 显然,“一个药一个靶点”的说法并不正确,已发现很多复合物的作用比原先预期的复杂得多,有的能导致副作用,而有的可能展现出其他医学用途。当研究向系统生物学和个性化医疗发展时,分析化学小分子与靶点相互作用的信号和代谢规律变得日益重要,医学和药学界急需发现和确认新的靶点。小分子靶点的发现和确认对于生物和医学的研究者而言,是一项既重要又艰巨的任务。而应用化学蛋白质组学方法能在上千万个蛋白质分子中分辨出正常和病变蛋白质的细微区别,以便药物的靶向鉴别。 3 化学蛋白质组的研究方法 化学蛋白质组学是化学生物学研究的重要技术手段,随着科学技术的进一步发展,化学蛋白质组学的研究方法也不断更新,目前的方法有以下几种。 3.1 高灵敏度质谱条件考察 化学蛋白质组学研究方法的一般流程是,先将化学探针或小分子化合物与蛋白质提取液进行共孵育,然后利用亲和层析等方法将这些蛋白质加以分离,再通过高灵敏度的质谱进行鉴定,最后对它们做进一步的生物信息学分析。主要有如下两种方式。 3.1.1 化学探针abpp技术 生物体的蛋白质组要比基因组大得多,通常都是在整体水平上研究感兴趣的功能蛋白质。美国Scripps研究所的Cravatt小组发展了一种新的化学蛋白质组学技术,利用基于靶酶活性的特异化学小分子探针(activity-based probes,ABPs)来探测功能蛋白质组,利用活性小分子探针来识别蛋白质靶点,这种方法建立了一种非常有效的未知靶点发现的策略。 化学探针即探测用的工具,是指能与特定的靶分子发生特异性相互作用的分子,并可以被特殊的方法所检测。就化学探针的基本结构而言,包括3个特异的功能部位:与酶共价交联的反应基团,调节反应基团反应的链接区和一个便于鉴别和纯化目标酶的