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单细胞转录组测序分析实训平台架构研究

近些年，随着单细胞转录组测序技术的日趋成熟，每天都会产生海量的单细胞测序数据，如何有效分析并应用这些数据是细胞测序的重点。将单细胞测序数据分析融入本科生课程是生物信息学教学中一个关键问题，理论和实验教学中涉及大量先进的软件和分析方法，教师在教学中发现，本科生在实验平台中进行多次训练可以掌握该知识点，因此，教学团队需要构建性能优越的实训化平台，以满足实验课教学需求。

1单细胞实验教学中存在的问题

生物信息学专业具有较强的实践性，单细胞转录组测序技术的兴起对教学提出了更高的要求。但该课程的教学尚处于初步探索阶段，未形成一个完整的课程建设体系，仍面临着许多问题和挑战[1]。

1.1配置生物信息分析环境难度大

单细胞转录组测序分析作为一门新兴学科，其一大特点是会产生海量的数据。不仅从下机数据到后续分析的处理过程复杂，而且配置分析环境也具有较大难度[2]：一是软件数量多，仅R包就多达几百个；二是软件版本不同，不同版本的软件数据分析结果不尽相同。本科生需要花费大量时间用于配置环境，给教学带来巨大挑战。在实际教学中，为了解决实验分析环境统一化的问题，教学团队基于docker技术构建了包含R包和Python软件的标准化实训平台环境，极大地提高了课堂教学效率。

1.2课程自主学习难度大

单细胞转录组数据分析知识点复杂，要求学生具备系统的知识体系，而真正掌握该技术需要大量的练习。对于传统教学模式，学生在有限的学时内难以将知识点融会贯通，甚至会消磨学习兴趣，配置分析环境的复杂性更是加大了学习难度。实验课涉及的典型实例，学生在运行时无法理解深层含义，不能达到触类旁通的效果，在分析新的数据时依然感到困难。

1.3代码纠错能力差

由于涉及大量的分析软件，而每个软件的参数又多而杂，学生难以在众多参数中抓住主要的参数，准确理解软件的各项功能，因此，容易出现无法解决软件系统报错的现象。这就需要引入视频类教学，学生可以通过多次回放视频来理解、记忆如何使用软件，更高效地解决实际运行软件报错的问题。

2实训化平台的重要性

作为一种轻量级的虚拟化技术[3]，docker在生物信息学分析中被广泛使用，并且目前生物信息公司多使用docker技术完成流程化分析过程[4]。由于其具有可移植、不依赖操作系统的优势，因此教学团队使用docker建立了一个容器[5]，在此基础上搭建了标准化的生物信息分析实训平台，立足高校实训场景和教学需求，集教学、实训、案例分析、讨论评价于一体。该实训平台在实践过程中不断完善，对于教学和科研具有重要意义。

2.1实训化平台提供了稳定的生物信息分析环境

教学团队采用docker技术建立实训平台，在学习过程中为学生提供了跨平台分析的便利，从而提高了教学效率，也极大方便了科研实践。在实验方面，平台不仅包含本科生学习用到的大部分软件，而且提供了相关的分析代码和配置文件等。此外，实训化平台稳定性较强，考虑了不同软件的兼容性和版本问题[6]，使得学生在学习过程中专注于数据分析，不受分析环境问题的困扰。而对于学有余力的同学，可以进一步掌握docker技术，从底层掌握容器构建过程，强化计算机底层知识，提高科研技能，这是传统教学模式所无法做到的[7]。

2.2实训化平台提高了学生自主学习能力

实训化平台基于容器化技术及影音技术的基础构建而成[8]，具有专业化和规范化的特点，整合了丰富的学习资源，学生可以依靠视频讲解进行多次训练，并且通过阅读纠错文档，实现自己修改错误，极大地提高了学生的自主学习兴趣。学生能够在不依赖教师的情况下进行自我探索、自我提高。

对于视频讲解：为了满足当下学生的学习需求，将视频讲解运用到数据分析的教学中，对关键代码的讲解和结果的解读有助于加深学生对知识的理解。图文并茂化的生物信息教学，提高了互动性和代码学习的趣味性，同时为学生提供了自主性的学习平台，使学生能够发挥主观能动性，促进教学优化，提升数据分析的实践质量[7]。

对于纠错文档：实训化平台倡导学生自主阅读纠错文档，减少依赖性，真正理解软件的运行原理，而不仅仅是模仿代码，从而提高学生自主解决问题的能力，会解决错误也是生物信息学人才必备的技能之一。

对于数据来源：实训化平台提供的数据集多来自公共数据集，案例分析具有真实的生物学意义，因此有助于激发学生自主学习和探索的兴趣，鼓励学生从科学问题出发，将生物信息学运用到实际当中[9]。

此外，实训平台提供个性化的课前预习实践，教学视频为学生的课前自主学习提供了帮助，减轻了课后压力。由于单细胞转录组数据分析需要大量的练习时间，所以课前学习有助于学生系统掌握知识体系，同时保证了教学效果。

生物信息学作为交叉学科，要求学生具有较强的自主学习能力，而实训化平台满足了专业未来的发展趋势，立足