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基于芯片数据分析的肺动脉高压患者基因表达研究 动脉高压（pah）是一种由各种原因引起的疾病，以肺动脉压和肺血管阻力持续增加。最后，它会导致右心衰竭，被称为心血管“肿瘤”。PAH发展过程中肺动脉平滑肌细胞(VSMC)的过度增殖及细胞外基质(ECM)大量沉积起着重要的促进作用 1 材料和方法 1.1 特发性pahipac组与健康对照组的基因表达 微阵列GSE33463数据集来自基因表达综合数据库(/geo/)，该数据集包含30例特发性PAH患者，19例无PAH系统性硬化症患者，42例硬化症相关PAH患者和8例并发硬化症和间质性肺病的PAH患者，还包括41名健康人员。从基因表达综合数据库(/geo/query/acc.cgi?acc=GSE33463)获得芯片数据分析结果，利用微阵列和RNA-seq数据(Limma)包的线性模型研究特发性PAH(IPAH)组与健康对照组的基因表达。用于筛选上调和下调mRNA的阈值为P0.05，|log(FC)|1。筛选出排名前20的差异表达的基因并使用热图包进行聚类分析，ITGB3在IPAH组中较健康对照组明显上调。 1.2 与itbc3的相关性分析 使用R语言的cor.test函数对测序结果中的基因进行相关性检验，找出与ITGB3具有共表达关系的基因，筛选条件为(|cor|0.6且P0.05)。其中cor为Pearson相关系数，代表二者的线性相关性，P为相关性检验P值，P0.05说明2种基因具有相关性。 1.3 go的显著性分析 我们使用在线工具DAVID对交集靶基因进行GO分析。根据基因的GO注释，选择本物种的所有基因作为背景基因，使用统计方法计算P值，通过设定显著性阈值分别得到相对于背景具有统计学意义的高频率注释，从而得到基因集合在GO类别上的分布信息和显著性情况，校正后P值0.05作为筛选条件。用R软件绘制ITGB3靶基因交集的GO功能注释图。 1.4 构建蛋白-蛋白相互作用网络 使用在线数据库String(/)对ITGB3可能调节的基因构建蛋白相互作用网络，得到蛋白之间的相互作用关系图。 1.6 基因组织数据库 CMap是将多种不同种类的美国食品药品监督管理局批准药物和非药物小分子作为干涉物，通过对多种细胞株进行干涉处理收集差异表达的基因集构成的数据库，主要用于揭示小分子化合物、基因和疾病状态的功能联系。我们使用CMap对差异基因进行小分子药物分析，以P0.01作为筛选条件。得到的score是相对分值。分值接近1代表药物分子与基因正相关;反之，与负向调控基因群的基因图谱相近之药物分子，score则会呈现负值，代表药物分子与基因负相关。 2 结果 2.1 红蛋白功能的变化 ITGB3可能调节的基因见表1。以ALAS2与CLK1基因为例，ALAS2为血红素合成的唯一限速酶，与血红蛋白、肌红蛋白功能直接相关。以ITGB3的表达量为横坐标，以ALAS2为纵坐标进行基因相关检验，拟合曲线结果表明，ALAS2水平与ITGB3呈正相关(P0.001)。CLK1则编码一种参与辅酶Q合成的线粒体酶，与衰老过程相关，以ITGB3的表达量为横坐标，以CLK1为纵坐标进行基因相关检验，拟合曲线结果表明，其与ITGB3呈负相关(P0.001)。 2.2 细胞黏附分子 GO富集柱状图见图1。GO分析结果表明，主要富集的细胞组分为参与细胞黏附的蛋白质复合物和质膜受体复合物等;分子功能是整合素结合和细胞黏附分子结合;参与整合素介导的信号通路、ECM和结构组建等生物过程，与PAH的发病机制息息相关。 2.3 路富集分析 同样使用DAVID数据库对预测到的ITGB3靶基因进行KEGG通路富集分析，R语言绘制得到气泡图(图2)。KEGG通路富集分析结果显示，ITGB3靶基因主要参与调控细胞黏着斑通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路、肥厚型心肌病通路和扩张型心肌病通路等。 2.4 蛋白与蛋白相互作用 将得到的靶基因集合使用String数据库分析，绘制出蛋白相互作用网络图。结果表明，ITGB3的靶基因集合编码蛋白质之间的相互作用关系较复杂，其中与血管内皮生长因子C(VEGFC)、胰岛素样生长因子1(IGF-1)、IGF-1受体(IGF-1R)、单体GTP酶Rab44等13个编码蛋白质之间的相互作用关系较稳定。通过获取IGF-1R,IGF-1与整合素[包括ITGB3，整合素α2B (ITGA2B),ITGA5,ITGAV,ITGB1,ITGB6,ITGB7,ITGB8]可能调节的基因构建蛋白与蛋白相互作用网络，得到蛋白与蛋白相互作用关系。结合前期实验 2.5 sco比较 使用CMap对差异基因进行小分子药物分析，以P0.01作为筛选条件，我们选出P值最小的前10位，分别为阿霉素、H-7、坦螺旋霉素、阿地芬宁、阿特波龙、马普